トラフ底には小起状が認められ、その多くはトラフ底に南方からかかる圧縮力によって生じたトラフ充填堆積物の変形したものである。このほかトラフ底には堆積物の供給路となるチャンネルが自然堤防などを部分的に伴い、トラフの東部から紀伊半島沖に認められる。
西南日本外帯沖の海底地形の形成は、フィリピン海プレートの運動に大きく係わっている。外縁隆起帯、ridge and trough zone、南海トラフ陸側斜面などに見られるの大きな地形の偏位は、フィリピン海プレート内のサブスラブ間の境と一致する。
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